An der Spitze der Stiftung steht der Stiftungsrat, dem der Vorstand unterstellt ist. Diesem zur Seite stehen die Kinderschutzfachkraft sowie Vorstandsassistenz, Qualitätsmanagement und Öffentlichkeitsarbeit. Der Betriebsrat bzw. die Schwerbehindertenvertretung ist als eigenständiges Gremium neben dem Stiftungsrat verankert.
Dem Vorstand direkt zugeordnet sind die MLS gGmbH, das Sekretariat und das Controlling sowie neun Fachbereiche: Rechnungswesen, Personalwesen, Wohnen, Inobhutnahme, Tagesgruppe, Aufnahmemanagement, Bau und Instandhaltung, Fortbildung und Schule.
Wohnen gliedert sich in Bereiche, die aus mehreren Wohnangebote bestehen und einer Bereichsleitung oder als einzelnes Wohnangebot einer Hausleitung unterstehen. An den verschiedenen Standorten werden stationäres und ambulantes Wohnen sowie mobile Betreuung angeboten.
Die Dr. David Mansfeld-Schule wird durch eine Schulleitung geleitet.